Die theologische Fakultät wurde 1535 protestantisch, als der Herzog Ulrich die Reformation in der Universität einführte. Die theologischen Studien wurden seitdem durch die vorherrschende Richtung lutherischer reformatorischer Theologie geprägt.
Der maßgebliche Einfluß lutherischer Theologie hielt während des 17. und 18. Jahrhunderts an. Wenig Beachtung wurden dem Pietismus und der europäischen Aufklärung geschenkt.
Die historisch-kritische theologische Forschung gewann im 19. Jahrhundert vermehrt an Einfluß auf die Fakultät. Ferdinand Christian Baur wurde 1826 Mitglied der Fakultät und begründete die "Frühe Tübinger Schule".
Zwei herausragende Gelehrte antworteten auf die theologischen Herausforderungen in der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts. Adolf Schlatter kam 1898 an die Fakultät. Schlatter versuchte die Zugänge der liberalen Theologie zum Neuen Testament mit einer den historischen Jesus und den Christus des Glaubens als Einheit sehenden Betrachtungsweise zu vermitteln. Karl Heim kam 1920 zur Fakultät. Heim war einer der wenigen Theologen seiner Zeit, die in den Dialog mit den modernen Naturwissenschaften eintraten.
Die Evangelische Theologische Fakultät ist eng mit dem Evangelischen Stift verbunden.
Das Stift wurde 1536 gegründet. Es ist eine Einrichtung der Lutherischen Kirche in Württemberg
zur Förderung ihres theologischen Nachwuches. Prominente Stiftsstudenten waren
Friedrich Hölderlin, Friedrich Wilhelm Schelling und Georg Friedrich Wilhelm Hegel.
Zur Zeit sind 929 Studenten eingeschrieben. Die meisten dieser Studenten (70%) bereiten sich auf den kirchlichen Dienst vor oder auf das Lehramt im Fach Religion in öffentlichen oder kirchlichen weiterführenden Schulen (21%). Die verbleibenden Studenten gehen auf andere akademische Abschlüsse zu.
Die Bibliotheksbestände beider Fakultäten sind zusammengelegt. Die Bibliothek ist in demselben Gebäude wie die Lehr- und Forschungseinrichtungen untergebracht. Die Bücherei enthält mehr als 210 000 Bände, wovon 110 000 der evangelischen und 100 000 der katholischen Fakultät gehören.
Wichtige Sammlungen von Karten, Dias und archäologischen Artefakten sind ebenfalls in der Bibliothek untergebracht. Mehr als 1400 Karten von Palästina und dem Nahen Osten, genauso wie 25000 Dias für biblische und archäologische Untersuchungen stehen für Forscher, Professoren und Studenten zur Verfügung.
Die Evangelische Theologische Fakultät unterhält enge Beziehungen zum Ökumenischen Rat der Kirchen und zu internationalen ökumenischen und missionarischen Bewegungen.